Киев очень быстро почувствовал на себе дыхание войны. Авиационные налеты и бомбардировки выводили из строя городские инженерные сети и насосные станции. Поврежденные сооружения силами работников водоканала своевременно восстанавливались, и город, хоть и с перерывами, но получало воду. Качество воды, которая подавалась, существенно снизилась.
Во время оккупации Киева водоснабжения города было практически законсервировано. Основное оборудование Днепровской станции насосы, двигатели и прочее - были демонтированы и вывезены. Работники Днепровской водопроводной станции, которые сопровождали оборудования, спасли уникальный груз, закопав его в землю, и после освобождения Киева оборудование было возвращено на станцию. Многочисленные повреждения водопроводной сети не давали возможности быстро восстановить водоснабжение и многотысячный город оставалось без воды еще некоторое время. Многие водопроводчиков пошли в народное ополчение, несмотря на то, что большинство из них имели «бронь» и от призыва в армию освобождались.
В течение двухлетней оккупации делалось немало попыток восстановить централизованное водоснабжение города удалось наладить работу нескольких скважин, а также использовали привозную воду в бочках. Незначительная часть персонала водоканала вернулась на рабочие места. Многочисленные подразделения, ремонтные мастерские, склады требовали обеспечения их водой.
Потребности водоканала финансировались местными властями, работникам водопровода вовремя выплачивали зарплату, и самое главное - водоканал в первую очередь обеспечивался электроэнергией. Обеспечение водой позволяло поддерживать в городе надлежащее санитарное состояние и эпидемиологическую стабильность. Однако, несмотря на такие меры, эти годы стали для города годы разрушения водопроводно-канализационного хозяйства. Централизованная канализация и насосные станции не функционировали, были разрушены часть канализационных сетей, станцию в Пуще-Водице, служебное помещение на участке выпуска стоков в Днепр, уничтожено семь водопроводных станций, разграблено материально-техническую базу. Практически распался трудовой коллектив. Общие убытки 1941-1943 гг. Только по канализации составляли около 500 тыс. Рублей.

В первые дни после освобождения Киева встал вопрос обеспечения горожан водой. Ощущался дефицит всего - специалистов, оборудования, материалов. Следовало ремонтировать и изготавливать насосы и двигатели. Началась кропотливая работа по восстановлению водопроводных станций и скважин. Сказывалась нехватка транспортных средств. Но уже в конце 1944 года уже действовало 25 скважин.
Тяжелое положение было у работников Днепровской станции: уничтожено электроцех, смазочное хозяйство, трансформаторные подстанции, немало оборудование было вывезено. Следовало по-новому налаживать реагентное производство, цех очистки воды, другие производственные подразделения. 1945 года был завершен восстановления Днепровской водопроводной станции. Ее производительность достигла 36 тыс. М3 в сутки. А на следующий 1946 станция ежесуточно подавала уже 50 тыс. М3 воды.

Днепровская водопроводная станция, построенная в 1939 г.., До сих пор выполняет свою задачу по обеспечению города водой. В семидесятые годы мощность станции не обеспечивала полную потребность киевлян в воде, поэтому встал вопрос о строительстве второй очереди: нового водозабора, насосной станции, резервуаров. Строительство осуществлялось быстрыми темпами и уже в 1982 году. Комплекс объектов, мощность которого достигла 600 тыс. М3 воды в сутки, был сдан в эксплуатацию.